wfexs_backend

Subpackages

• wfexs_backend.workflow_engines
  • wfexs_backend.workflow_engines.nextflow_engine
  • wfexs_backend.workflow_engines.cwl_engine
• wfexs_backend.utils
  • wfexs_backend.utils.passphrase_wrapper
  • wfexs_backend.utils.marshalling_handling
  • wfexs_backend.utils.groovy_parsing
  • wfexs_backend.utils.pyld_caching
  • wfexs_backend.utils.rocrate
  • wfexs_backend.utils.misc
  • wfexs_backend.utils.zipfile_path
  • wfexs_backend.utils.contents
  • wfexs_backend.utils.docker
  • wfexs_backend.utils.digests
  • wfexs_backend.utils.licences
  • wfexs_backend.utils.io_wrappers
  • wfexs_backend.utils.orcid
• wfexs_backend.pushers
  • wfexs_backend.pushers.abstract_contexted_export
  • wfexs_backend.pushers.nextcloud_export
  • wfexs_backend.pushers.cache_export
  • wfexs_backend.pushers.abstract_token_export
  • wfexs_backend.pushers.abstract_token_sandboxed_export
  • wfexs_backend.pushers.dataverse_export
  • wfexs_backend.pushers.b2share_export
  • wfexs_backend.pushers.zenodo_export
• wfexs_backend.container_factories
  • wfexs_backend.container_factories.podman_container
  • wfexs_backend.container_factories.no_container
  • wfexs_backend.container_factories.docker_container
  • wfexs_backend.container_factories.abstract_docker_container
  • wfexs_backend.container_factories.singularity_container
• wfexs_backend.fetchers
  • wfexs_backend.fetchers.internal
    • wfexs_backend.fetchers.internal.ftp_downloader
  • wfexs_backend.fetchers.git
  • wfexs_backend.fetchers.ftp
  • wfexs_backend.fetchers.wiktionary
  • wfexs_backend.fetchers.b2share
  • wfexs_backend.fetchers.trs_files
  • wfexs_backend.fetchers.drs
  • wfexs_backend.fetchers.sftp
  • wfexs_backend.fetchers.gs
  • wfexs_backend.fetchers.fasp
  • wfexs_backend.fetchers.zenodo
  • wfexs_backend.fetchers.osf_io
  • wfexs_backend.fetchers.doi
  • wfexs_backend.fetchers.file
  • wfexs_backend.fetchers.swh
  • wfexs_backend.fetchers.pride
  • wfexs_backend.fetchers.s3
  • wfexs_backend.fetchers.data
  • wfexs_backend.fetchers.http

Submodules

• wfexs_backend.workflow
• wfexs_backend.workdir
• wfexs_backend.wfexs_backend
• wfexs_backend.side_caches
• wfexs_backend.common
• wfexs_backend.docs_module
• wfexs_backend.__main__
• wfexs_backend.cache_handler
• wfexs_backend.ro_crate
• wfexs_backend.scheme_catalog
• wfexs_backend.encrypted_fs
• wfexs_backend.security_context

Package Contents

Functions

describeGitRepo	Describe the repository version.
get_WfExS_version
get_WfExS_version_str

Data

__author__
__copyright__
__license__
__version__
__url__
__official_name__

API

wfexs_backend.__author__ = 'José M. Fernández <https://orcid.org/0000-0002-4806-5140>, Laura Rodriguez-Navas <https://orcid.org/...'

wfexs_backend.__copyright__ = '© 2020-2026 Barcelona Supercomputing Center (BSC), ES'

wfexs_backend.__license__ = 'Apache 2.0'

wfexs_backend.__version__ = '1.0.8'

wfexs_backend.__url__ = 'https://github.com/inab/WfExS-backend'

wfexs_backend.__official_name__ = 'WfExS-backend'

wfexs_backend.describeGitRepo(repo: str) → Tuple[str, str, str]

Describe the repository version.

Args: projdir: git repository root Returns: a string description of the current git revision

Examples: “gabcdefh”, “v0.1” or “v0.1-5-gabcdefh”.

wfexs_backend.get_WfExS_version() → Tuple[str, str | None, str | None]

wfexs_backend.get_WfExS_version_str() → str